Elea fu fondata intorno al 540 a.C. dai Focei, antica popolazione dell'Asia minore, fuggita dalla propria terra in seguito all'invasione persiana. I Focei scelsero di stabilirsi in un luogo non distante dal mare e facilmente difendibile, in caso di attacco esterno, dal promontorio. La colonia fu circondata da mura lunghe oltre otto chilometri, e da due torri poste ai lati della porta della città.
I Focei costruirono inoltre un tempio, in onore probabilmente di Athena, e cominciarono ad avviare una fiorente economia basata sul commercio e sulle attività legate alla pesca e alla navigazione, mantenendo nel contempo ottimi rapporti con la popolazione indigena.
In questo clima nacque e fiorì una delle correnti più importanti della filosofia ellenistica, la Scuola Eleatica, che ebbe tra i suoi esponenti di spicco Parmenide, Zenone e Melisso.
Con la dominazione di Roma Elea divenne Velia e, grazie al suo clima mite e all'incantevole paesaggio, divenne meta di personalità illustri del tempo - tra i quali ricordiamo Orazio e Cicerone - continuando a occupare un posto di rilievo nel panorama economico e politico dell'epoca.
A causa di devastanti inondazioni - famosa quella del V secolo d.C. -, alle invasioni longobarde e ad altre calamità succedutesi nei secoli, Velia conobbe un lungo periodo di declino, e i resti dell'antica civiltà, di cui solo una minima parte è venuta alla luce negli ultimi decenni, restano sepolti e dimenticati.